Dans son rapport de certification des comptes du régime général de sécurité sociale pour 2016, la Cour des comptes émet 31 réserves.
Plusieurs concernent la branche maladie. Selon elle, les règlements aux établissements de santé, anciennement sous dotation globale, sont affectés d’un risque élevé de paiements erronés, compte tenu des limites des contrôles opérés à priori et à posteriori sur la valorisation et la facturation des prestations d’hospitalisation.
Toujours selon la Cour des comptes, les indemnités journalières maladie et maternité sont affectées par des erreurs de liquidation, dont l’incidence financière est élevée. La Cour observe qu’« en l’absence d’évolutions notables du contrôle interne, les risques financiers demeurent mal maîtrisés », les anomalies de paiement ayant des conséquences financières parfois élevées.
Budget de l’AME : Un chiffrage insuffisant selon la Cour des comptes
La Cour des comptes « épingle » également l’État. Son analyse du budget 2016 de l’État montre que l’aide médicale d’État ferait l’objet d’une sous-budgétisation persistante. Déjà la Cour avait souligné « le caractère insincère » de la programmation retenue pour cette aide en 2015.